盈科从小聪慧,万历五年(1577)人县学为生员,十三年(1585)乡试中举,“自为诸生,名已隆隆起”但是,此后于万历十四年、十七年两次赴京参加进士考试,皆不第而归。万历二十年(1592)三月,与袁宏道同榜进士及第。八月,授长洲(今江苏吴县)县令。长洲属三吴,“赋税之重,甲于天下”,江盈科同情人民,常因催科不力而遭“长官詈骂”。为缓解人民“京解诸役”之苦,置役田二千余亩以资役费。任职六载,贤令名声远播。万历二十六年(1598),先报吏部主事,旋因李应策劾奏江盈科“以征赋不及格”而改官大理寺正。是年冬离京,奉命恤刑滇黔。两年后升户部员外郎并主试四川。三十二年七月,擢四川提学副使。次年八月